牙克石市轄9個鎮、2個便民服務中心，7個街道辦事處。 9個鎮：博克圖鎮、免渡河鎮、烏爾其汗鎮、庫都爾鎮、綽源鎮、圖里河鎮、伊圖里河鎮（2010年底，伊圖里河撤銷辦事處，重新成為鎮）、塔爾氣鎮、烏奴爾鎮；2個便民服務中心：煤田便民服務中心、巴林便民服務中心；7個街道辦事處：東興街道辦事處、勝利街道辦事處、紅旗街道辦事處、新工街 道辦事處、永興街道辦事處、建設街道辦事處、暖泉街道辦事處。

境內有：莫拐農場、牙克石八號農場、免渡河農場、鳳凰山莊.鳳凰山莊位于牙克石的東南部的沃野南溝，距市區8公里，距海拉爾80公里，位于大興安嶺森林和呼倫貝爾草原的交匯處扎敦河畔。

伊圖里河鎮：轄 伊東、伊鐵、伊林、伊興、伊偉、伊嶺、伊政、伊建、伊強、伊西、伊新、伊輝12個居委會。

圖里河鎮：轄 圖林、圖新、圖興、圖鐵、圖強、圖宏、圖政、圖建、圖安、圖成、圖偉、圖勝、圖輝、西林、西柳15個居委會。

烏爾其漢鎮：轄 烏政、烏勝、烏林、烏明、烏榮、烏祥、烏鐵、烏強、烏建、烏新、烏興、烏華、烏豐13個居委會；西五旗村委會。

庫都爾鎮：轄 庫政、庫西、庫林、庫強、庫東、庫森、庫新、庫興、庫中、愛林、新峰、新嶺、原林、原興、原和、原祥、巖山17個居委會。

免渡河鎮：轄 免暉、免祥、免豐、免鐵、免東、免政、免新、免西、免偉、免礦、免林11個居委會；豐收、團結、勝利、先進4個村委會。

烏奴耳鎮：轄 烏嵐、烏峰、烏嶺、烏山、三根河、興安嶺、伊列克得7個居委會。

博克圖鎮：轄 博政、博南、博暉、博東、博鐵、博通、博興、博西、博強9個居委會；溝口、二道河子2個村委會。

綽源鎮：轄 綽源、綽建、綽林、綽新、綽興、綽爾、烏丹河、梨子山、蘇格河9個居委會。

塔爾氣鎮：轄 塔政、塔星、塔偉、塔光、塔強、塔宏、塔明、塔嶺8個居委會。

煤田便民服務中心：轄 煤政、煤田、煤建、煤海、煤祥、煤安6個居委會。

巴林便民服務中心：轄 巴林、巴強、巴南、雅生、雅光、旗山、喇嘛山7個居委會。

勝利街道：轄 勝利、勝南、勝東、勝華4個居委會。

紅旗街道：轄 紅旗、紅光、紅華、紅建、紅新、紅升、紅偉7個居委會。

新工街道：轄 新風、新興、新華3個社區。

永興街道：轄 永興、永紅、永和、永建、永明、永新、永強7個居委會。

建設街道：轄 建設、建林、建宏、建豐、建工、建明、建業、建聯、建和、建民、建安11個居委會。

暖泉街道：轄 暖泉、暖興、暖新、暖祥、暖建、暖強6個居委會。

東興街道：轄 牧原、牧強、牧東、牧西、牧豐、匯流河6個居委會；黎明、永興、海滿、前進、暖泉、護林、利農、勝利、卓山、巨豐10個村委會。

莫拐農場：一隊、二隊、三隊、四隊、五隊、六隊、七隊。

牙克石農場：一隊、三隊、四隊、五隊、六隊、七隊、八隊。

免渡河農場：一隊、二隊、三隊、四隊、五隊、六隊、七隊。